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El juego empieza cuando el protagonista Henry Townshend experimenta una pesadilla en la que su apartamento está cubierto de sangre y óxido, y un espíritu lo ataca en su sala de estar. Henry ha estado encerrado en su apartamento en South Ashfield, el cuarto 302, durante cinco días, sin manera de comunicarse con el exterior y sufriendo pesadillas similares a esa frecuentemente. La puerta está cerrada con candados colocados desde el interior, las ventanas se han vuelto irrompibles y nadie lo puede oír fuera del apartamento. Al inicio del juego, un agujero grande aparece en la pared de su cuarto de baño de forma inexplicable, y Henry entra en él intentando escapar. Desde ese momento entra a una red de agujeros que lo llevan a través de una serie de sueños o «mundos» relacionados con Silent Hill.